Cette étude s'est déroulée en 3 phases. Les deux premières phases ont abouti à l'établissement du diagnostic de l'état actuel du cours d'eau (hydrologie, cartes de dangers, milieux naturels et faune, végétation, etc...) et la définition d'objectifs de protection et de renaturation. La troisième phase a permis l'établissement du concept de protection et de renaturation du Marquet et la définition d'avants projets de réalisation.

Afin de répondre aux objectifs de protection et de renaturation , un concept d'aménagement global a été proposé pour le Marquet. Ce concept peut se résumer selon les 5 principes d'aménagement suivants:

1. La création d'un bassin de rétention: laminage et écrêtage des crues, création et aménagement de milieux naturels de valeur.
2. La remise à ciel ouvert de la partie aval: connection hydraulique et biologique, effet de digue, création et aménagement de milieux naturels de valeur.
3. L'application à moyen terme du principe d'entretien des rives du Marquet::redonner de l'espace au cours d'eau, mettre en valeur des milieux palustres et riverains, améliorer le laminage des crues.
4. Le démantèlement des ouvrages obsolètes.
5. La déconnexion du collecteur de décharge et du ruisseau.